Presunto culpable es un largometraje documental que muestra cómo la vida de José Antonio (Toño) Zúñiga, un joven tianguista de Iztapalapa de 26 años, cambió para siempre cuando el lunes 14 de diciembre de 2005, cuando una patrulla de la policía de la Ciudad de México lo arresta abruptamente en Iztapalapa acusándolo de homicidio.
Preso por un crimen que no cometió, Toño logra contactar a dos jóvenes abogados, quienes toman el caso con la esperanza de poderle regresar la libertad. Ahora, deben encontrar alguna manera de reabrir el caso y probar la inocencia de Toño. Tras noches de desvelo y una investigación exhaustiva, descubren que el abogado defensor en el juicio condenatorio había litigado con una cédula profesional falsa. Este descubrimiento permite reabrir el caso y anular la sentencia pasada para comenzar un nuevo juicio y emprender la lucha por la libertad de Toño.